針對血液中攜帶的蛋白質(zhì)信息進行挖掘能夠為疾病早診、疾病機制理解、治療靶點發(fā)現(xiàn)及個性化醫(yī)療等方面提供重要見解。十一長假剛剛結(jié)束，新一輪研究即將開展，磨刀不誤砍柴工，先來看看過去一個月各領域研究者們利用血漿蛋白組發(fā)表了哪些成果，獲取靈感強化自己吧。
9月13日，法國貝爾戈尼研究所團隊通過空間轉(zhuǎn)錄組學和血漿蛋白質(zhì)組學檢測發(fā)現(xiàn)瑞戈非尼與阿維魯單抗注射液聯(lián)合治療耐藥的胃癌患者，腫瘤微環(huán)境中M2型巨噬細胞顯著增多，S100A10蛋白在腫瘤細胞中顯著過表達。血漿蛋白組學檢測顯示血漿中CSF-1、IL-4、IL-8和TWEAK等細胞因子的升高與不良預后相關。巨噬細胞的免疫抑制作用以及S100A10的過表達是影響治療效果的關鍵因素。
該文章提示血漿蛋白質(zhì)組與免疫治療息息相關，能夠為癌癥的預后預測提供思路，指導癌癥個性化治療。
9月27日，華中科技大學同濟醫(yī)學院公共衛(wèi)生學院劉剛團隊使用英國生物樣本庫中包含21892例參與者共2915種血漿蛋白的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)分析了與8種健康飲食模式（健康低脂飲食模式、地中海飲食模式、MIND飲食模式、AHEI-2010飲食模式、DASH飲食模式、hPDI飲食模式、rE-DII飲食模式和HLCD飲食模式）相關的蛋白，發(fā)現(xiàn)差異蛋白與糖尿病、心血管疾病、慢性呼吸疾病、慢性腎病和癌癥的風險降低及更長壽命有關，某些蛋白（如FSTL3和STC1）在飲食模式與疾病之間的關系中發(fā)揮中介作用。
該文章提示血漿蛋白質(zhì)組有助于深入理解飲食與慢性疾病之間的關系，具有個性化營養(yǎng)干預潛力。
9月7日，西安交通大學郭燕團隊通過對680名創(chuàng)傷后有或沒有發(fā)生深靜脈血栓形成的患者進行臨床指標、血漿代謝組與蛋白質(zhì)組檢測，闡明了創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成的代謝特征?；谂R床指標與血漿代謝組檢測，該團隊發(fā)現(xiàn)了與創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成相關的28種代謝物和2個臨床參數(shù)，并以580例樣本（252例創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成患者血漿vs 328例對照）為發(fā)現(xiàn)集，100例樣本（50例創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成患者血漿vs 50例對照）為驗證集，通過機器學習進行標志物篩選，確定了可高效預測創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成的9種代謝物標志物組合?；谘獫{蛋白質(zhì)組檢測（96例創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成患者血漿vs 87例對照），該團隊從鑒定到的524種血漿蛋白中發(fā)現(xiàn)了與創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成相關的214種蛋白質(zhì)，聯(lián)合代謝組數(shù)據(jù)分析，該團隊發(fā)現(xiàn)糖酵解/糖異生-TCA循環(huán)的上調(diào)可能通過增加紅細胞內(nèi)活性氧（ROS）水平促進血栓形成，這表明這一代謝通路可能是創(chuàng)傷后深靜脈血栓形成潛在的治療靶點。
該研究提示血漿蛋白質(zhì)組能夠通過分析代謝通路蛋白，為代謝相關疾病提供更深刻的見解，并指示疾病潛在治療靶點。
9月4日，英國利茲大學利茲心血管及代謝醫(yī)學研究所團隊使用英國生物樣本庫中包含53029例參與者共2923種血漿蛋白的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)與患者因感染而死亡的事件相關聯(lián)（240個事件，52520名參與者），通過泊松回歸模型評估，以發(fā)生率比（IRR）>1.5作為閾值，發(fā)現(xiàn)259種蛋白與感染死亡顯著相關，其中46種蛋白具有可用的遺傳評分。以INTERVAL隊列為發(fā)現(xiàn)集，以NSPHS和ORCADE隊列為驗證集，使用蛋白質(zhì)數(shù)量性狀評分（pQTS）發(fā)現(xiàn)只有MER原癌基因酪氨酸激酶（MERTK）的pQTS與感染死亡顯著相關。使用沒有血漿蛋白質(zhì)組學數(shù)據(jù)的363953例英國生物樣本庫參與者（984例感染死亡）數(shù)據(jù)對感染死亡率進行全基因組關聯(lián)研究（GWAS），兩樣本孟德爾隨機化分析表明血漿MERTK蛋白濃度增加與感染死亡率之間存在潛在因果關系。較高的MERTK濃度與較大年齡、男性及多種慢性疾病相關，MERTK與循環(huán)中的白細胞亞群和血小板計數(shù)也有關聯(lián)。
善用血漿蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，結(jié)合基因組與孟德爾隨機化，純生物信息學內(nèi)容也能發(fā)14分一區(qū)SCI~
9月12日，中國科學院動物研究所劉光慧團隊與中國科學院北京基因組研究所張維綺團隊及中國科學院動物研究所曲靜團隊合作，通過對健康的中老年雄性食蟹猴（相當于人類的40-50歲）進行40個月的二甲雙胍干預（2型糖尿病臨床治療劑量），對其生理功能、醫(yī)學影像、多種血液指標、多個組織病理和多器官多組織多組學進行分析，闡明長期服用二甲雙胍能夠顯著延緩食蟹猴的衰老，對全身11個系統(tǒng)79種組織器官發(fā)揮全面衰老保護效果。該團隊基于血漿蛋白質(zhì)組學、血漿代謝組學、泛組織轉(zhuǎn)錄組學、DNA甲基化組學繪制了新的靈長類衰老時鐘，能夠用于準確預測食蟹猴生物學年齡。該研究為抗衰藥物研究開辟了新的范式。
9月24日，美國明尼蘇達大學研究團隊通過對11761例中年參與者和5183例老年參與者的血漿蛋白質(zhì)組檢測（共鑒定到4712種蛋白質(zhì)），使用其中2/3的樣本作為發(fā)現(xiàn)集，1/3的樣本作為驗證集，通過彈性凈回歸構建新的蛋白質(zhì)組學衰老時鐘ARIC PACs，并在驗證集中利用Cox比例風險回歸分析了年齡加速和年齡加速變化與全因、心血管疾病、癌癥和下呼吸道疾病死亡率之間的關聯(lián)，發(fā)現(xiàn)ARIC PACs和已發(fā)表的3個衰老時鐘與死亡風險增加有相似的相關性。
上述兩篇文章提示衰老時鐘有望成為生物學年齡的生物標志物，可作為預測病死率、評估抗衰老生活方式和治療干預效果的工具。
通過對以上前沿文章的學習，想必大家對血漿蛋白質(zhì)組的研究思路和研究方法有了更深刻的認知。青蓮百奧針對血漿蛋白質(zhì)組研究需求，獨家推出疾病標志物篩選、預后標志物篩選、分子分型、PWAS高級分析報告，助大家在科研的海洋中乘風破浪。
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