是的。
1)樣本制備中的問(wèn)題:跑膠本?會(huì)有蛋?輕微的交叉污染，蛋?條帶的擴(kuò)散等；質(zhì)譜檢測(cè)靈敏度很?，對(duì)于出現(xiàn)上述交叉污染的蛋?，即使含量較低，也會(huì)被檢測(cè)到；
2)測(cè)到的肽段匹配到蛋?上。由于不同的蛋?會(huì)出現(xiàn)部分序列相似的情況，那么該肽段同時(shí)也存在并可能匹配到其他蛋?上，所 以就會(huì)有?客戶(hù)?標(biāo)分?量的蛋?。建議：由于客戶(hù)切割的蛋?為某?分?量范圍，所以該分?量范圍內(nèi)的蛋?含量是相對(duì)?較?的?？梢酝ㄟ^(guò)先對(duì)蛋?相對(duì)定量值進(jìn)?排序(由?到?)，然后再按照此排序，找客?需要分?量范圍的蛋?。
對(duì)照組和處理組實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)是否有問(wèn)題，基因敲除是否?凈，是否有補(bǔ)償調(diào)控等等；樣本跑膠時(shí)出現(xiàn)了不同程度的污染，泳道之間也會(huì)有殘留，此類(lèi)污染到的蛋?定量值應(yīng)該偏低。
(1)pH值2-3的?氨酸buffer洗脫，?氧化還原反應(yīng)；
(2)加?loading buffer煮沸；
(3)小肽競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合，?般適?于標(biāo)簽蛋?的IP富集。
合并搜庫(kù)：是指客?的樣本上機(jī)結(jié)束后，所有樣本的下機(jī)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并搜庫(kù)，搜庫(kù)完成后，所有的樣本數(shù)據(jù)會(huì)展?在同一張表里，出?份結(jié)題報(bào)告；
優(yōu)點(diǎn)：數(shù)據(jù)合并搜庫(kù)，搜庫(kù)的定量數(shù)據(jù)均?性好，系統(tǒng)誤差小，便于客?將不同樣本進(jìn)??較分析其的表達(dá)量情況；
缺點(diǎn)：所有的樣本數(shù)據(jù)會(huì)展?在同?張表?（鑒定結(jié)果及功能注釋結(jié)果都放在?起展?），不便于客?單獨(dú)查看每個(gè)樣本的蛋?情況，比如覆蓋度或者unique肽段情況（即數(shù)據(jù)不好拆）；
分開(kāi)搜庫(kù)：是指客?的樣本上機(jī)結(jié)束后，所有樣本的下機(jī)數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)單獨(dú)搜庫(kù)，搜庫(kù)結(jié)束后，且會(huì)單獨(dú)出結(jié)題報(bào)告。不同的樣本的數(shù)據(jù)會(huì)放在不同的表中進(jìn)?結(jié)果展?；
優(yōu)點(diǎn)：每個(gè)樣本都有??單獨(dú)的鑒定的結(jié)果?件，便于客?單獨(dú)查看每個(gè)樣本的蛋?情況；缺點(diǎn)：?法對(duì)不同的樣本進(jìn)??較分析，因?yàn)榉珠_(kāi)搜庫(kù)的樣本數(shù)據(jù)之間?法對(duì)不同樣本進(jìn)?均?化處理，無(wú)法放在?起分析；
建議：10個(gè)樣本以下分開(kāi)搜庫(kù)；10個(gè)樣本以上的樣本合并搜庫(kù)，合并分析（節(jié)省?產(chǎn)成本）。
可以，若蛋?含量太低可以送多個(gè)膠條，但是膠條太?會(huì)增加實(shí)驗(yàn)成本，需要額外收費(fèi)。
質(zhì)譜的靈敏度?常?，實(shí)驗(yàn)環(huán)境中會(huì)有?法避免蛋白的污染，當(dāng)樣本中?標(biāo)蛋?含量較低時(shí)雜質(zhì)蛋?就凸顯出來(lái)，通常為?蛋?污染，?般建議刪掉雜質(zhì)蛋白即可。
@2024北京青蓮百奧生物科技有限公司 京ICP備17052224號(hào)
